▲明治維新伏見の戰跡
御香宮境内。内閣総理大臣佐藤栄作の書。

■御香宮神社と鳥羽伏見の役
慶應3年（1867）12月9日に王政復古の詔が発令されると、京洛の内外は緊張し、朝幕の間に一触触発の険悪な空気が漲った。
17日の明け方に御香宮の表大門に「徳川陣営」と書かれた大きな木札が掲げられたため、御香宮の祠官の三木善郷は御所へ渡辺蔵人頭を経て注進すると、翌日薩摩藩士吉田考助（後の宮内大臣吉井友実/ともざね。歌人吉井勇の祖父）が来て札を外し、21日に薩摩兵が駐屯した。

慶應4年（1868）正月2日に徳川慶喜が大阪から上洛しようとし、先鋒軍が3日午後に伏見京橋に着いた。
幕府方の入京を遮る薩摩兵との間に小競り合いが生じたその時、鳥羽方面から聞こえた砲声を契機に、御香宮の東の高台に位置する龍雲寺に砲兵陣地を布いていた薩摩藩士大山弥助（後の元帥大山巌）が、眼下の伏見奉行所（御香宮の南に位置し、幕府側の新撰組らが布陣）に砲撃を開始した。

伏見奉行所では療養中の近藤勇の代わって土方歳三が率いる新撰組が応戦し、久保田備中守率いる伝習隊が官軍の前衛部隊を攻撃して墨染めまで撃退する。

4日に軍事総裁の仁和寺宮嘉彰（よしあきら）親王が錦の御旗を翻して陣頭に立たれたので官軍は奮い立ち、突如賊軍となった伏見方面の幕府側の兵たちは戸惑い、淀へ撤退。
一時は押していた鳥羽方面の幕府軍も橋本まで撃退され、共々大坂城へ敗走した。
この地で勃発した鳥羽・伏見の戦いは明治維新に至る黎明といえる。

戦の間、古御香宮に移って郷の安全を祷っていた祠官の三木は、5日に復座した。